日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 申欣; 李晓; 徐启华 |
| 发表日期 | 2012-09-15 |
| 出处 | 海洋学报(中文版)
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| 关键词 | 鼓虾 线粒体基因组 选择压力 基因排列 分子标记 |
| 英文摘要 | 首先通过基因组DNA的提取、通用引物PCR扩增和长PCR扩增,从而获得日本鼓虾(Alpheus japonicus)的线粒体DNA;应用鸟枪法和引物步移法测序,获得了日本鼓虾的线粒体基因组全序列。结合GenBank线粒体基因组数据库中鲜明鼓虾(A.distinguendus)的线粒体基因组,比较分析了鼓虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。研究结果表明,在日本鼓虾线粒体基因组中共存在9对基因的重叠。日本鼓虾线粒体基因组全长16 487bp,较鲜明鼓虾线粒体基因组(15 700bp)长,主要是由于最大非编码区的长度存在差异。日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组均编码37个基因,且37个基因的基因排列完全一致;与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,仅出现1个转运RNA基因(trnE)的易位和倒位。2个鼓虾线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子和终止密码子存在差异。除了cob基因外,其余12个蛋白质编码基因所编码氨基酸的数目均完全相同。鼓虾线粒体基因组13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1,显示出较强的负选择。在15个主编码基因中,nad5基因的变异位点数最多,其次是nad4基因和lrRNA基因。因此,nad5,nad4和lrRNA基因可以作为备选的分子标记,用于分析鼓虾不同物种和群体之间的生物多样性。 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家自然科学基金(40906067) ; 中央财政支持地方高校发展专项资金(CXTD04) ; 中国博士后科学基金(2012M510054) ; 江苏省海洋生物技术重点实验室基金(2009HS12、2009HS13) ; 江苏省“青蓝工程”人才基金(苏教师[2010]27号) |
| 卷 | v.34期:05页:149-155 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | Q953 |
| ISSN号 | 0253-4193 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/191141]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.淮海工学院电子工程学院 2.淮海工学院海洋学院 3.中国科学院海洋研究所 4.山东省花生研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 申欣,李晓,徐启华. 日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较. 2012. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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