中国明对虾肝胰腺细小病毒全基因组的克隆及序列分析
文献类型：CNKI期刊论文
| 作者 | 张峥; 黄倢; 高强; 成君军; 王明森 |
| 发表日期 | 2011-01-15 |
| 出处 | 中国水产科学
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| 关键词 | 肝胰腺细小病毒(HPV) 中国明对虾 基因组序列 |
| 英文摘要 | 中国明对虾肝胰腺细小病毒是一种单链、线性DNA病毒。本研究利用DNA末端加尾和嵌套PCR首次完成了对虾肝胰腺细小病毒(hepatopancreatic parvovirus,HPV)中国分离株(HPV-Pc)全基因组序列的测定,研究结果表明,HPV-Pc株(GenBank登录号GU371276)的全基因组由6 085个核苷酸组成,包含3个开放阅读框(ORF)(分别代表ns1、ns2和cp基因)和2个非编码区。ORF1、ORF2和ORF3分别编码由427、578和821个氨基酸组成的蛋白,分子量分别为50.4 kD、68.2 kD和92 kD。分析HPV-Pc基因组结构,发现该基因组没有末端反向重复序列(ITR),cp基因编码的CP区有HPV特异的"GAA"正向重复序列,及富含甘氨酸的上游和下游不同位置存在精氯酸残基,可造成蛋白裂解。不同地区、不同对虾HPV基因组有较大差异,HPV-Pc株基因组与其他已知HPV序列同源性在78%～91%之间,差异遍布整个序列中。将HPV-Pc各基因片段与已报道的其他地区HPV相应序列进行比较,结果表明,HPV-Pc各基因片段与AY008257(韩国株)同源性最高。与已知HPV代表株的NS2、NS1和CP蛋白氨基酸序列同源性比较也显示,HPV-Pc株与韩国株同源性最高。这些特征表明HPV-Pc属于细小病毒科的一个新分离株。 |
| 文献子类 | CNKI期刊论文 |
| 资助机构 | 国家863计划项目(2006AA100306) ; 国家重点基础研究发展计划项目(2006CB101801) ; 农业部公益性行业(农业)科研专项(200803012) ; 国家虾现代产业技术体系(nycytx-46)岗位专家经费项目 |
| 卷 | v.18期:01页:61-67 |
| 语种 | 中文; |
| 分类号 | S945.4 |
| ISSN号 | 1005-8737 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/191818]  |
| 专题 | 中国科学院海洋研究所 |
| 作者单位 | 1.农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所 2.上海海洋大学 3.中国科学院海洋研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 张峥,黄倢,高强,等. 中国明对虾肝胰腺细小病毒全基因组的克隆及序列分析. 2011. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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