肉果草属物种比较转录组学分析
文献类型：期刊论文
| 作者 | 陈荣连; 李世逢; 迟晓峰 |
| 刊名 | 基因组学与应用生物学
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| 出版日期 | 2025 |
| 卷号 | 44期号:03页码:252-267 |
| 关键词 | 肉果草属 全长转录组 三代测序 差异表达基因 |
| 英文摘要 | 为了深入挖掘肉果草属(Lancea)物种全长转录组信息，筛选其物种间差异表达基因，本研究对肉果草属物种进行PacBio Sequel高通量测序，利用生物信息学方法进行基因注释、结构分析和物种间差异表达基因分析。共获得肉果草属全长转录组58 392条高质量转录本，其中57 690条被NR、 NT、 Pfam、 KOG/COG、 Swiss Prot、 KEGG、 GO数据库成功注释；GO数据库成功注释41 515条转录本，被分成生物学过程、细胞组分和分子功能3大类，其中结合物和催化活性功能占主导地位；KEGG数据库有48 354个转录本被注释到46条途径，12 263个被注释到代谢通路，占比15.89%;此外预测到4 408个转录因子、 63 069个SSR, 528条LncRNA。在粗毛肉果草(L.hirsuta)和肉果草(L.tibetica)中筛选得到5 532个差异表达转录本，其中上调表达3 938个，下调表达1 549个，GO富集分析注释到分子功能最多；KEGG富集到118条代谢通路，单萜类生物合成富集程度最高，且粗毛肉果草中差异表达的18个关键基因，均参与萜类骨架的生物合成途径。本研究首次使用三代测序技术对肉果草属进行全长转录组分析，筛选出了物种间代表性的差异表达基因，研究结果为肉果草属生长发育机制、代谢调控、物种适应性进化及遗传多样性分析等研究提供基础。 |
| 源URL | [http://ir.nwipb.ac.cn/handle/363003/62607]  |
| 专题 | 西北高原生物研究所_中国科学院西北高原生物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 陈荣连,李世逢,迟晓峰. 肉果草属物种比较转录组学分析[J]. 基因组学与应用生物学,2025,44(03):252-267. |
| APA | 陈荣连,李世逢,&迟晓峰.(2025).肉果草属物种比较转录组学分析.基因组学与应用生物学,44(03),252-267. |
| MLA | 陈荣连,et al."肉果草属物种比较转录组学分析".基因组学与应用生物学 44.03(2025):252-267. |
入库方式： OAI收割
来源：西北高原生物研究所
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