点地梅属10种植物叶绿体基因组密码子偏好性分析
文献类型：期刊论文
| 作者 | 郭玉朋; 史明伟; 马虎; 马彦军; 姚步青 |
| 刊名 | 中草药
 |
| 出版日期 | 2025 |
| 卷号 | 56期号:04页码:1355-1365 |
| 关键词 | 点地梅属 密码子偏性 最优密码子 突变压 自然选择 |
| 英文摘要 | 目的 研究点地梅属Androsace L.物种叶绿体基因组蛋白编码基因密码子的偏好性及其影响因素。方法 测序了点地梅属1个物种（西藏点地梅）的叶绿体基因组，其他9物种的序列从NCBI下载。根据序列筛选条件，共得到41条共有序列。用CodonW 1.4.2计算相关参数，Python整理数据，R做相关性分析并绘图。结果 点地梅属各物种密码子第1、2、3位置碱基组成GC含量表现为GC1>GC2>GC3，其中第3位GC含量最小。各位点GC含量相关性为GC1、GC2极显著，而两者与GC3相关性都不显著，说明3个位置GC含量变化机制不同。3个位置GC含量都小于50%，表明密码子倾向于使用A/U碱基，尤其是第3位。从10个物种中共鉴定到13～17个最优密码子。所有基因的有效密码子数（effective number of codons,ENC）均大于35，说明密码子使用整体偏性较弱。中性绘图、ENC-plot及PR2-plot分析显示，造成密码子使用偏性的主要因素是自然选择，但突变压对大部分基因的密码子偏性也有重要影响。系统发育及聚类分析显示密码子偏性在物种间是保守的。结论 点地梅属叶绿体基因组蛋白编码基因倾向于使用A/U碱基编码的密码子，自然选择是影响密码子偏好性的主要因素。研究结果能为点地梅属的分子进化、系统发育及叶绿体基因工程提供基础。 |
| 源URL | [http://ir.nwipb.ac.cn/handle/363003/62672]  |
| 专题 | 西北高原生物研究所_中国科学院西北高原生物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 郭玉朋,史明伟,马虎,等. 点地梅属10种植物叶绿体基因组密码子偏好性分析[J]. 中草药,2025,56(04):1355-1365. |
| APA | 郭玉朋,史明伟,马虎,马彦军,&姚步青.(2025).点地梅属10种植物叶绿体基因组密码子偏好性分析.中草药,56(04),1355-1365. |
| MLA | 郭玉朋,et al."点地梅属10种植物叶绿体基因组密码子偏好性分析".中草药 56.04(2025):1355-1365. |
入库方式： OAI收割
来源：西北高原生物研究所
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