栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig的验证研究
文献类型：学位论文
| 作者 | 黄超
|
| 学位类别 | 硕士 |
| 答辩日期 | 2011-05-23 |
| 授予单位 | 中国科学院研究生院 |
| 导师 | 相建海 |
| 关键词 | 栉孔扇贝 核苷二磷酸激酶 荧光原位杂交 BAC 染色体鉴别 |
| 学位专业 | 海洋生物学 |
| 中文摘要 | 栉孔扇贝(Chlamys farreri)是我国北部沿海一个非常重要的养殖种类。物理图谱是基因组测序、基因绘图、遗传改良和选育的关键工具。本课题组在BAC文库基础上构建了栉孔扇贝物理图谱，我们采用ABI 3130xl测序仪对两个BAC库总共81,408个BAC克隆进行了指纹分析。经过数据处理，我们最后得到了3,072条contig片段，每个contig平均包含41.2个克隆，平均大小521Kb，所有contig加起来总长度接近1.6Gb，覆盖1.3倍基因组。为了验证物理图谱contig组装的正确性，我们利用BAC-FISH技术将包含栉孔扇贝核苷二磷酸激酶基因（NDPK）的两个BAC克隆定位到染色体同一位置上；而在物理图谱上，这两个BAC克隆也是位于同一条contig上。BAC克隆的共定位结果从一个角度直观地证明了图谱组装的正确性。同时，核苷二磷酸激酶是一类存在广泛、高度保守，在细胞能量和信息传递中具有重要作用的酶，NDPK基因的染色体定位将对深入研究该基因的结构、功能以及应用于生产实践提供理论支撑。物理图谱的构建及低拷贝基因定位工作，将对栉孔扇贝基因组和染色体的深入研究以及图谱整合、染色体鉴别、图位克隆等工作提供重要参考。 |
| 语种 | 中文 |
| 公开日期 | 2014-08-08 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/17817]  |
| 专题 | 海洋研究所_实验海洋生物学重点实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 黄超. 栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig的验证研究[D]. 中国科学院研究生院. 2011. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
浏览0
下载0
收藏0
其他版本
除非特别说明，本系统中所有内容都受版权保护，并保留所有权利。