中国近海常见水母类和类的DNA条形码分析及系统发生分析
文献类型：学位论文
| 作者 | 王仁诚 |
| 学位类别 | 硕士 |
| 答辩日期 | 2010-05-24 |
| 授予单位 | 中国科学院研究生院 |
| 导师 | 孙松 |
| 关键词 | 水母亚门 亚目 DNA条形码 系统发生 |
| 学位专业 | 海洋生态学 |
| 中文摘要 | DNA条形码（DNA barcoding）技术是利用一条短的DNA基因片段对物种进行识别和鉴定的分子生物学技术。它可以用来对物种进行鉴定，明确生物生活史的不同阶段，还有可能成为群落结构和系统发生研究的有效手段。对大多数后生动物来说，粒体细胞色素氧化酶第一亚基（COI）可以作为DNA条形码的合适基因。DNA条形码技术应用的关键一点是种内差异要明显的小于种间差异。我们对中国近海水母类和类的部分常见种类进行了DNA条形码的分析，并对类进行了系统发生的研究。本文主要分为以下两部分内容： 一、 水母类的DNA条形码分析 水母种类多、数量大、分布广，在浮游动物群落中占有相当重要的地位。由于其自身形态高度多样、幼体成体差异甚大等特点，导致了传统的形态学分类方法在应用时遇到了较大的阻碍；另外，线粒体细胞色素氧化酶第一亚基（COI）在水母类的鉴定上的刚刚起步，其鉴定的准确性还存在一定争议。因此，本研究选取了COI、线粒体核糖体大亚基（16S）以及核基因组核糖体RNA间隔区（ITS）三种片段比较其作为水母类鉴定的有效性。COI序列共计40条，种内差异从0至0.046，种间差异从0.066至0.173；16S序列共计18条，种内差异从0.003至0.010，种间差异从0.118至0.273；ITS序列共计17条，种内差异均为0，种间差异从0.138到0.344。在本实验所涉及的类群中，三种序列均能有效的进行区分不同种类。但由于所分析的种类和数量不能覆盖绝大部分的水母亚门类群，我们还不能确认哪种序列更为有效。 二、类的DNA条形码分析和系统发生研究 类作为海洋食物链中的重要一环，在国内外已有许多学者研究进行过研究。但还没有人对其DNA条形码和系统发生进行过研究。本研究结合所得的COI序列及NCBI网站的相关序列共计78条序列对类进行DNA条形码的分析，种内差异从0.002至0.031，种间差异从0.083至0.410，种内和种间差异没有形成重叠。邻接法构建的系统发育树中所有一个种类的个体都能形成一个单系枝。结果显示，COI基因是作为类DNA条形码研究的有效工具。 测定了亚目（Hyperiidea）16个种的18S rDNA部分序列，与从GenBank检索得到的11个类的18S rDNA部分序列进行同源性比对，探讨其系统发育关系。由贝叶斯构建的系统发生树表明：在端足目中，钩虾亚目（Gammaridea）和麦秆虫亚目（Caprellidea）亲缘关系较近，聚成一支，亚目是是该支的姐妹群，单系发生。慎总科（Phronimoidea）、路总科（Vibilioidea）和宽腿总科（Platysceloidea）构成了单系的亚目，路总科（Vibilioidea）和宽腿总科路互为姐妹群。总科中是并系发生，近慎科（Paraphronimoidae）远离路总科，独自形成一支。 |
| 语种 | 中文 |
| 公开日期 | 2014-08-08 |
| 源URL | [http://ir.qdio.ac.cn/handle/337002/17855]  |
| 专题 | 海洋研究所_海洋生态与环境科学重点实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 王仁诚. 中国近海常见水母类和类的DNA条形码分析及系统发生分析[D]. 中国科学院研究生院. 2010. |
入库方式： OAI收割
来源：海洋研究所
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