基于分子指纹的中药化合物数据库的层次聚类分析(英文)
文献类型：期刊论文
| 作者 | 彭涛 ; 孙连英 ; 周家驹 |
| 刊名 | 计算机与应用化学
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| 出版日期 | 2013 |
| 期号 | 06页码:575-581 |
| 关键词 | 层次聚类 TCM 分子指纹 虚拟筛选 Ward方法 Tanimoto系数 |
| 中文摘要 | 作为高通量筛选的一种有效方法,虚拟筛选得到了越来越广泛的应用。当靶分子结构未知时,往往使用基于配体的虚拟筛选方法。在基于配体的虚拟筛选方法中,相似性方法起着非常重要的作用。基于中药有效成分化合物数据库,进行了层次凝聚聚类分析。在化学信息系统中,有许多的距离/相似性度量方法和相似性系数。在化学结构的表示和特征选择方面,使用了广泛使用的Daylight分子指纹。采用CDK项目来计算基于Daylight分子指纹的Tanimoto系数作为分子相似性度量方法。对TCM数据库进行了层次凝聚聚类分析,并在聚类之前应用了化学结构领域知识来进行待聚类数据的预处理。在层次聚类时,设定了0.75作为聚类的相似度阈值。计算了层次聚类过程中Kelly方法中的惩罚值来获取最合适的簇数量,通过该方法得到的簇数量与采用0.75作为相似度阈值聚类得到的簇数量非常接近。针对每一个包含多个化合物的簇,选取了多个化合物作为该簇的代表性化合物。同时根据聚类结果分析了Tanimoto系数的缺点。在后续工作中,可对TCM数据库进行分子骨架分析和多样性分析,并基于分子骨架进行聚类。 |
| 公开日期 | 2014-08-27 |
| 版本 | 出版稿 |
| 源URL | [http://ir.ipe.ac.cn/handle/122111/10286]  |
| 专题 | 过程工程研究所_研究所（批量导入） |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 彭涛,孙连英,周家驹. 基于分子指纹的中药化合物数据库的层次聚类分析(英文)[J]. 计算机与应用化学,2013(06):575-581. |
| APA | 彭涛,孙连英,&周家驹.(2013).基于分子指纹的中药化合物数据库的层次聚类分析(英文).计算机与应用化学(06),575-581. |
| MLA | 彭涛,et al."基于分子指纹的中药化合物数据库的层次聚类分析(英文)".计算机与应用化学 .06(2013):575-581. |
入库方式： OAI收割
来源：过程工程研究所
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