基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发
文献类型：期刊论文
| 作者 | 陈世龙
|
| 刊名 | 微生物学报
 |
| 出版日期 | 2014 |
| 期号 | 9页码:1045-1052 |
| 关键词 | 454焦磷酸测序 黄绿蜜环菌 微卫星 遗传多样性 青藏高原 |
| ISSN号 | 0001-6209 |
| 中文摘要 | 【目的】本研究利用454焦磷酸测序技术,对青藏高原黄绿蜜环菌(Armillaria luteo-virens)转录组进行测序,从获得的Expressed sequence tags(EST)序列中开发EST-SSR引物。【方法】利用高通量测序获得的EST序列设计微卫星引物,通过PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳检测筛选出合格的微卫星引物。【结果】共得到了1997121条reads,总数据量超过80Mb,序列平均长度为449bp。对于所获得的reads进行拼接后得到了22236条非冗余的EST序列,其中含有2024条contigs(平均读长974bp)和20212条singletons(平均读长404bp)。在所有序列中共找到321条符合条件的含有SSR的序列,从中随机选择98对,成功开发出27对具有多态性条带的微卫星引物。利用采集自3个不同居群的66个个体对上述27对引物进行验证,有17对引物符合Hardy-Weinberg平衡且没有连锁不平衡现象。【结论】首次成功利用高通量测序技术开发的EST-SSR引物将会对今后黄绿蜜环菌遗传多样性的研究以及种质资源鉴定、遗传图谱构建等打下了坚实基础。 |
| 公开日期 | 2014-12-18 |
| 源URL | [http://ir.nwipb.ac.cn/handle/363003/4090]  |
| 专题 | 西北高原生物研究所_中国科学院西北高原生物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 陈世龙. 基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发[J]. 微生物学报,2014(9):1045-1052. |
| APA | 陈世龙.(2014).基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发.微生物学报(9),1045-1052. |
| MLA | 陈世龙."基于454测序技术的青藏高原黄绿蜜环菌微卫星引物的开发".微生物学报 .9(2014):1045-1052. |
入库方式： OAI收割
来源：西北高原生物研究所
浏览0
下载0
收藏0
其他版本
除非特别说明，本系统中所有内容都受版权保护，并保留所有权利。