基于Solexa高通量测序的唐古特红景天(Rhodiola algida)微卫星信息分析
文献类型：期刊论文
| 作者 | 陈世龙
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| 刊名 | 植物研究
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| 出版日期 | 2014 |
| 期号 | 6页码:829-834 |
| 关键词 | 唐古特红景天 高通量测序 微卫星 |
| ISSN号 | 1673-5102 |
| 中文摘要 | 利用所获得的Solexa高通量唐古特红景天转录组拼接EST序列进行微卫星位点的挖掘分析,期望为红景天属SSR标记的开发提供生物信息学依据。在得到的6552条EST序列中,三碱基最多,占总EST序列的41.50%;单核苷酸和二核苷酸重复类型的SSR含量相似,分别为27.76%和24.76%;二至六碱基微卫星分布密度与其对应的SSR含量成正比。在单核苷酸重复类型中,T和A重复类型最多,分别为总SSR的14.91%、12.70%,而G和C重复类型则很少;在二核苷酸重复类型中,AG重复类型最多,占总SSR的5.60%,GA和TC重复类型次之,分别为4.75%、4.72%;在三核苷酸重复类型中,GAA重复类型最多,为总SSR的1.85%,GAT次之,为1.79%,TTC、TCT、TCA、GGA、GCT、GAG重复类型间的SSR数相差不大;四、五、六核苷酸重复类型则很少。除五、六核苷酸重复类型外,其长度变化与其对应的重复类型碱基长度成反比;同种重复类型中,微卫星的长度与其对应的SSR数成反比。 |
| 公开日期 | 2014-12-18 |
| 源URL | [http://ir.nwipb.ac.cn/handle/363003/4092]  |
| 专题 | 西北高原生物研究所_中国科学院西北高原生物研究所 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 陈世龙. 基于Solexa高通量测序的唐古特红景天(Rhodiola algida)微卫星信息分析[J]. 植物研究,2014(6):829-834. |
| APA | 陈世龙.(2014).基于Solexa高通量测序的唐古特红景天(Rhodiola algida)微卫星信息分析.植物研究(6),829-834. |
| MLA | 陈世龙."基于Solexa高通量测序的唐古特红景天(Rhodiola algida)微卫星信息分析".植物研究 .6(2014):829-834. |
入库方式： OAI收割
来源：西北高原生物研究所
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