亚心型扁藻叶绿体psbA基因的克隆及序列分析
文献类型：期刊论文
| 作者 | 秦松 ; 崔玉琳
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| 刊名 | 生物学杂志
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| 出版日期 | 2014 |
| 卷号 | 31期号:1页码:1-4,14 |
| 关键词 | 亚心型扁藻(Platymonas subcordiformis) PCR步移 psbA基因 序列分析 |
| ISSN号 | 2095-1736 |
| 其他题名 | Cloning and sequence analysis of psbA gene fragment from the chloroplast of Platymonas subcordiformis |
| 产权排序 | 烟台大学生命科学学院; 中国科学院烟台海岸带研究所 |
| 中文摘要 | psbA基因是叶绿体基因组中一个重要的光调控基因,编码光和系统Ⅱ反应中心的D1蛋白.根据叶绿体基因组序列高度保守的特性,利用莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)psbA基因的保守序列(基因登录号:HQ667991.1)设计引物,采用PCR步移的方法从亚心型扁藻(Platymonas subcordiformis)基因组DNA中克隆到psbA基因全长(基因登录号:KF528742).序列分析表明,亚心型扁藻psbA基因全长1939 bp,编码区长度为1062 bp,推导编码353个氨基酸,包括4个赖氨酸残基.有效密码子数显示psbA基因具有明显的密码子偏好性,并且偏好使用以A/T结尾的密码子.相对同义密码子使用度表明25个密码子在编码使用时具有偏好性,其中20个密码子以A/T碱基结尾,占到80%.其终止密码子使用了TAG. |
| 英文摘要 | The psbA gene coding for D1 protein in photosynthetic Ⅱ reaction centre is one of the important light -regulated genes in the chloroplast genome.According to conserved motif of the homologous nucleotide sequence of psbA of Chlamydomonas reinhardtii (Gen- Bank accession number: HQ667991.1) by using genome walking, 1939 bp fragment was amplified from the genome of Platymonas subcordiformis (GenBank accession number: KF528742).Results showed that the coding region had 1062 bp and 353 amino acids were deduced including 4 lysines.The effective number of codons showed that codon bias existed in the psbA gene.The codons ending with A/T were frequently used.Synonymous codon usage analysis showed that 25 codons were preferred by the psbA gene coding DNA sequence (CDS), and 20 codons ending with A /T, accounting for 80% of the entire CDS.The terminator codon was TAG. |
| 收录类别 | CSCD |
| 语种 | 中文 |
| CSCD记录号 | CSCD:5067067 |
| 源URL | [http://ir.yic.ac.cn/handle/133337/8360]  |
| 专题 | 烟台海岸带研究所_海岸带生物学与生物资源利用所重点实验室 |
| 推荐引用方式 GB/T 7714 | 秦松,崔玉琳. 亚心型扁藻叶绿体psbA基因的克隆及序列分析[J]. 生物学杂志,2014,31(1):1-4,14. |
| APA | 秦松,&崔玉琳.(2014).亚心型扁藻叶绿体psbA基因的克隆及序列分析.生物学杂志,31(1),1-4,14. |
| MLA | 秦松,et al."亚心型扁藻叶绿体psbA基因的克隆及序列分析".生物学杂志 31.1(2014):1-4,14. |
入库方式： OAI收割
来源：烟台海岸带研究所
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