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西北高原生物研究所 554 金属研究所 240 地理科学与资源研究所 213
近代物理研究所 193 合肥物质科学研究院 181 自动化研究所 179
化学研究所 178 上海药物研究所 167 大连化学物理研究所 146
昆明植物研究所 127 地质与地球物理研究所 118 上海应用物理研究所 109
国家天文台 108 海洋研究所 97 心理研究所 95
植物研究所 92 生态环境研究中心 91 过程工程研究所 85
半导体研究所 78 高能物理研究所 67 西安光学精密机械研究所 64
中国科学院大学 63 宁波材料技术与工程研究所 60 地球化学研究所 59
计算技术研究所 51 云南天文台 51 广州地球化学研究所 50
数学与系统科学研究院 39 动物研究所 39 兰州化学物理研究所 38
上海营养与健康研究所 35 成都山地灾害与环境研究所 34 武汉岩土力学研究所 33
国家空间科学中心 32 寒区旱区环境与工程研究所 31 烟台海岸带研究所 31
南京地理与湖泊研究所 30 武汉物理与数学研究所 27 国家授时中心 27
紫金山天文台 27 西双版纳热带植物园 26 水生生物研究所 26
广州能源研究所 26 南京地质古生物研究所 25 武汉植物园 25
重庆绿色智能技术研究院 25 上海光学精密机械研究所 25 上海硅酸盐研究所 25
深圳先进技术研究院 22 遥感与数字地球研究所 22 水土保持研究所 21
沈阳应用生态研究所 21 南海海洋研究所 20 青藏高原研究所 20
南京土壤研究所 18 深海科学与工程研究所 18 工程热物理研究所 17
广州生物医药与健康研究院 15 青岛生物能源与过程研究所 14 生物物理研究所 13
新疆理化技术研究所 13 武汉病毒研究所 13 新疆天文台 13
古脊椎动物与古人类研究所 13 理论物理研究所 12 长春应用化学研究所 12
力学研究所 11 苏州纳米技术与纳米仿生研究所 11 上海天文台 11
成都生物研究所 11 地球环境研究所 11 新疆生态与地理研究所 10
软件研究所 9 光电技术研究所 6 沈阳自动化研究所 6
文献情报中心 5 物理研究所 4 青海盐湖研究所 4
天津工业生物技术研究所 4 科技战略咨询研究院 3 上海神经科学研究所 3
上海微系统与信息技术研究所 3 上海生物化学与细胞生物学研究所 3 亚热带农业生态研究所 2
电子学研究所 2 上海技术物理研究所 2 昆明动物研究所 2
自然科学史研究所 1 长春光学精密机械与物理研究所 1 测量与地球物理研究所 1
微电子研究所 1 计算机网络信息中心 1