本发明提供一种激光加工晶圆的控制方法及系统。所述方法包括：采集当激光对晶圆第一目标点曝光标记或刻蚀加工时晶圆加工平台在第一位置运行的实时三维位置信息；获取第二位置的目标三维位置信息并移动所述晶圆加工平台至第二位置；采集晶圆加工平台在第二位置的实时三维位置信息；根据第二位置的目标三维位置信息和实时三维位置信息确定激光偏移量；根据激光偏移量调控相控型硅基液晶对激光进行微位移并实现激光对晶圆第二目标点的刻蚀加工。本发明能够通过相控型硅基液晶对激光进行微位移，避免了由于晶圆加工平台的运行误差而导致对晶圆有效区域的损伤，提高了所述控制方法加工成品率、工作效率、激光加工精度以及分离晶圆的均匀性。