本发明提供了一种自对准接触孔刻蚀工艺方法，包括以下步骤：提供衬底，在所述衬底上从下至上依次形成有栅堆叠、保护层和层间介质层，在所述衬底内部、栅堆叠之间形成有源漏区；对层间介质层进行刻蚀形成接触孔的上半部分，至栅堆叠顶部上方的保护层停止；采用沉积与刻蚀循环的方法刻蚀栅堆叠之间的层间介质层形成接触孔的下半部分，停止在源漏区上方的保护层上；采用沉积与刻蚀循环的方法刻蚀源漏区上方的保护层形成接触孔的底部，停止在衬底的源漏区上。本发明通过采用沉积和刻蚀循环的方法，增加了刻蚀过程对栅堆叠侧壁的保护，减少了刻蚀对栅堆叠侧壁的损伤，降低了漏电风险。