新生代以来,印度板块与欧亚大陆碰撞后远程效应不断向北传递,帕米尔地块位于青藏高原西北部,靠近碰撞边界,在这一远程效应的影响下,帕米尔地块发生强烈的南北向地壳缩短,导致其宽度与东侧的青藏高原主体部分形成了鲜明的对比,形成著名的帕米尔构造结。基于前人的研究成果,将帕米尔构造结新生代演化过程归结如下:始新世时,帕米尔构造结开始初步发育,持续的双向俯冲,引起帕米尔高原不断隆升。晚渐新世一早中新世,帕米尔构造结西侧主要通过辐射逆冲断裂带吸收地壳变形,东部则是山体弯转、走滑转换断裂共同作用吸收变形,在构造结内部出现片麻质穹窿,构造结轮廓逐步形成。晚中新世,帕米尔构造结不断弯曲,下地壳持续增厚导致高原东北缘出现重力垮塌,扩展体系出现,片麻质穹窿出现在公格尔山和慕士塔格峰。上新世,帕米尔构造结与南天山碰撞,并在南天山和帕米尔两侧形成了平行于山脉走向的褶皱带,此时水汽通道关闭,加剧了塔里木盆地的干旱,并最终导致塔克拉玛干沙漠的出现。