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FuncPhos-STR: An integrated deep neural network for functional phosphosite prediction based on AlphaFold protein structure and dynamics
期刊论文
OAI收割
INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES, 2024, 卷号: 266, 页码: 11
作者:
Zhang, Guangyu
;
Zhang, Cai
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提交时间:2024/06/27
Functional phosphosite
Deep learning
AlphaFold protein structure
Dynamics
Protein protein interaction
Deciphering the functional landscape of phosphosites with deep neural network
期刊论文
OAI收割
CELL REPORTS, 2023, 卷号: 42, 期号: 9, 页码: 23
作者:
Liang, Zhongjie
;
Liu, Tonghai
;
Li, Qi
;
Zhang, Guangyu
;
Zhang, Bei
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提交时间:2023/12/08
A RhoA structure with switch II flipped outward revealed the conformational dynamics of switch II region
期刊论文
OAI收割
JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY, 2023, 卷号: 215, 期号: 2, 页码: 107942
作者:
Jiang, Hao
;
Zu, Shijia
;
Lu, Yu
;
Sun, Zhongya
;
Adeerjiang, Akejiang
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提交时间:2024/03/27
Small GTPases
Crystal structures of RhoA
Dynamics of switch II
Molecular dynamics simulations
Allosteric pocket
Leveraging Protein Dynamics to Identify Functional Sites Models
期刊论文
OAI收割
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, 2022, 卷号: 62, 期号: 14, 页码: 3331-3345
作者:
Zhu, Fei
;
Yang, Sijie
;
Meng, Fanwang
;
Zheng, Yuxiang
;
Ku, Xin
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提交时间:2022/11/11
Leveraging Protein Dynamics to Identify Functional Phosphorylation Sites using Deep Learning Models
期刊论文
OAI收割
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, 2022, 页码: 15
作者:
Zhu, Fei
;
Yang, Sijie
;
Meng, Fanwang
;
Zheng, Yuxiang
;
Ku, Xin
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提交时间:2023/04/10
Dynamics of Post-Translational Modification Inspires Drug Design in the Kinase Family
期刊论文
OAI收割
JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, 2021, 卷号: 64, 期号: 20, 页码: 15111-15125
作者:
Zhang, Huimin
;
He, Jixiao
;
Hu, Guang
;
Zhu, Fei
;
Jiang, Hao
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提交时间:2022/01/04
Drug design targeting active posttranslational modification protein isoforms
期刊论文
OAI收割
MEDICINAL RESEARCH REVIEWS, 2021, 卷号: 41, 期号: 3, 页码: 1701-1750
作者:
Meng, Fanwang
;
Liang, Zhongjie
;
Zhao, Kehao
;
Luo, Cheng
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提交时间:2024/03/22
Allosteric Inhibitor
Covalent Inhibitor
Posttranslational Modifications
Precision Medicine
Protac Protein Degradation
Protein‐
Protein Interactions
Ptm Protein Isoforms
Rational Drug Design
Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)
期刊论文
OAI收割
AUTOPHAGY, 2021, 卷号: 17
作者:
Klionsky, Daniel J.
;
Abdel-Aziz, Amal Kamal
;
Abdelfatah, Sara
;
Abdellatif, Mahmoud
;
Abdoli, Asghar
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提交时间:2021/05/31
Autophagosome
cancer
flux
LC3
lysosome
macroautophagy
neurodegeneration
phagophore
stress
vacuole
左旋多巴宽频太赫兹光谱研究
期刊论文
OAI收割
中国激光, 2019, 卷号: 46, 期号: 06, 页码: 203-210
作者:
朱中杰
;
任冠华
;
成超
;
吴志鹏
;
张建兵
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提交时间:2020/10/19
太赫兹技术
左旋多巴
宽频太赫兹时域光谱
密度泛函理论
低频振动
氢键网络
Deciphering the role of dimer interface in intrinsic dynamics and allosteric pathways underlying the functional transformation of DNMT3A
期刊论文
OAI收割
BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS, 2018, 卷号: 1862, 期号: 7, 页码: 1667-1679
作者:
Liang, Zhongjie
;
Hu, Junchi
;
Yan, Wenying
;
Jiang, Hualiang
;
Hu, Guang
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提交时间:2019/01/08
Conformational dynamics
Allosteric communication
Elastic network models, network theory, coevolution analysis